Giải bóng đá hạng ba quốc gia 2016 sẽ diễn ra từ ngày 12 tháng 11 đến ngày 18 tháng 11 năm 2016 với các đội bóng bao gồm Hà Nội T&T, Kon Tum, Nam Định, Phù Đổng. Bốn đội sẽ thi đấu vòng tròn một lượt tính điểm số để xếp hạng. đội vô địch sẽ được thăng hạng lên chơi tại Giải hạng nhì 2017.